Endometriozis laparoskopik cerrahinin  en sık kullanıldığı hastalıklardan biridir. Endometriosis hastalığı rahim içini döşeyen dokunun rahim dışında karın içini döşeyen periton denen zar, rahimin bağları, tübalar ve yumurtalıklarda yerleşmesi  ortaya çıkar. Rahimin arkasında sert kitlelere, rahim, yumurtalıklar, tüpler, barsaklar arasında yapışıklıklar  ve yumurtalıklarda endometrioma (çikolata kistleri) denen içi koyu kıvamlı kanla dolu kistlere neden olur.

Endometriozis kadınlar arasında sık görülen bir hastalıktır. Kasıklarda ağrı, adet sancısı, ilşki sırasında ağrı ve adetlerden önce veya sonra lekelenmeler ve gebeliğin olmaması gibi şikayetler yapabilir. Bazen de şikayet yapmaz başka nedenle muayene ve ultrasonografi sırasında farkedilir. Endometriozis gebelik şansını azaltan bir hastalıktır. Ultrason muayenesinde çikolata kistlerinin tipik bir görüntüsü vardır, nadiren tipik olmayan görüntüler de olabilir. Hastanın şikayetleri, muayene ve ultrasonografi ile klinik tanı konsa da kesin tanısı laparoskopi ile konur.

Endometriozisli hastalar kasık ağrısı, adet sancısı veya gebe kalamama şikayetleri ile gelirler. Eskiden her hastaya tanı ve tadavi için laparoskopi yapılırdı, ancak daha sonraları her hastaya laparoskopi yapmanın çok gerekli olmadığı görüldü ve günümüzde ameliyat gerekçeleri sınırlandırıldı.

Endometriozis, çikolata kisti nedeniyle ameliyat olan hastalarda özellikle de laparoskopik cerrahi ile bu ameliyatları yapma konusunda yeterli tecrübesi olmayan ellerde cerrahi sırasında yumurtalıklara zarar verilebilmektedir. Ameliyat sırasında yumurtalıkların kanlanması bozulursa, kist çıkarılırken yumurtalık dokusundan da doku çıkarılması, yumurtalığın bir kısmının veya tamamının alınması ile yumurtalık rezervi azalmakta, yani kadının yumurta sayısı azalmakta, kadının doğurganlık  özelliği de düşmektedir. Bu hastalarda erken menopoz da olabilmektedir. Yetersiz ameliyat olan yaşı ileri olup ta çocuk sahibi olabileceği zaman dilimi de azalmış olan kadınlarda tüp bebek tedavisiyle de gebelik şansı azalmaktadır.

Çikolata kistinin laparoskopik tedavisinde  sağlam yumurtalık dokusuna zarar vermeden kistik cidarının tümüyle çıkarılması önemlidir. Kistin delinip içindeki koyu kanlı sıvının aspire edilip boşaltılması, kist duvarını çıkartmadan sadece duvarın koterize edilerek yakılması, kist duvarının hepsini çıkaramayıp bir kısmının bırakılması eksik tedavilerdir ve kısa sürede yeniden kist oluşur. Deneyimli ellerde kistin tekniğine uygun çıkarılması çok önemlidir..

Günümüzde çikolata kisti 4-5 cm den büyük olanlar ile şiddetli ağrısı olanlarda ancak laparoskopik ameliyatlar önerilmektedir. Kadının yaşına göre değişmekle birlikte ameliyat sonrası ortalama 1 yılda gebelik olmayanlarda veya cerrahi tedavi gerekmeyenlerde genellikle tüp bebek tedavisi yapılmaktadır. Endometriozis hastalarında tüp bebek tedavisi sırasında enfeksiyon gibi ciddi komplikasyonlar olabileceği unutulmamalıdır.